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생물 정보 LOD 플랫폼소개
생물정보 LOD 소개
생물정보 LOD는 미래창조과학부와 한국정보화진흥원의 지원을 받아 2013년과 2014년 국가DB 사업의 일환으로 구축되었습니다.
현재 거미, 곤충, 균류, 식물, 양서/파충류, 어류, 조류, 포유류, 지의류 등 9가지 생물종 분류군에 대한 정보를
제공하고 있습니다.
향후 다양한 분류군으로의 확대 및 여러 생물종이 추가될 예정입니다.
생물종에 대한 정보는 국립수목원과 국립중앙과학관으로부터 제공된 데이터를 기초로 하고 있으며,
웹을 통해 누구나 쉽게 접근하여 활용할 수 있도록 Linked Data의 4가지 원칙에 따라 RDF 형태로 제공됩니다.
향후 다양한 분류군으로의 확대 및 여러 생물종이 추가될 예정입니다.
생물종에 대한 정보는 국립수목원과 국립중앙과학관으로부터 제공된 데이터를 기초로 하고 있으며,
웹을 통해 누구나 쉽게 접근하여 활용할 수 있도록 Linked Data의 4가지 원칙에 따라 RDF 형태로 제공됩니다.
생물정보 LOD 플랫폼의 서비스
LOD 발행 SPARQL Endpoint 데이터 브라우저 서비스 패싯 검색 상세 검색 관계 탐색 Open API
LOD 발행
- 생물 정보 LOD 에 대한 가장 기본적인 서비스로서, 각 생물종에 대해 RDF 형태로 구축된 정보를 웹에서 확인할 수 있습니다.
- 생물 정보 LOD 로 구축된 생물종 들은 아래와 같은 URI 규약을 따라 각각의 생물종이 식별됩니다.
- http://lod.nature.go.kr/resource/학명
- 위와 같은 URI 로 웹 브라우저를 이용하여 접근할 경우 RDF 데이터가 HTML 형태로 가시화 되어 제공됩니다.
- 또한 기계가 데이터를 읽고 처리할 수 있는 형태로 데이터를 제공하기 위해 아래와 같은 형식을 지원하며 해당 형식으로
- RDF 데이터를 받을 수 있습니다.
SPARQL Endpoint
- SPARQL Endpoint 서비스는 생물 정보 LOD의 데이터셋으로 부터 질의를 통해 결과를 추출하기 위한 서비스를 제공합니다.
- Template 드롭다운 목록은 SPARQL 의 select , construct , ask 구문 에 대한 기본 문법을 SPARQL 입력 상자에 출력해 줍니다.
- Prefixes 는 주로 사용되는 네임스페이스 접두어 정보를 SPARQL 구문에 포함시킬 수 있는 기능을 제공합니다.
- 텍스트 박스에 적절한 SPARQL 을 입력하고 html, rdf, json 등 결과형식을 선택한 후 실행 버튼 을 클릭하면 질의 결과를 확인할 수 있습니다.
- Useful SPARQL 메뉴를 통해 예제 SPARQL 에 대한 목록을 제공하고 있으며, 우측의 [SPARQL Endpoint로 이동] 을 클릭하면 해당하는 SPARQL 이 SPARQL 입력창에 자동으로 입력됩니다.
데이터 브라우저 서비스
- 데이터 브라우저 서비스는 생물정보 LOD로 구축된 데이터를 GUI 환경에서 탐색할 수 있도록 기능을 제공합니다.
- 좌측은 생물정보 LOD 온톨로지의 클래스 목록이 출력되며, 클래스를 선택할 경우 해당 클래스가 가지고 있는 인스턴스 목록이 오른쪽 하단에 출력됩니다.
- 인스턴스 목록에서 Text 버튼을 클릭하면 해당 인스턴스에 대한 정보가 표 형태로 출력되며, Graph 버튼을 클릭할 경우 그래프로 가시화 되어 출력됩니다.
- 텍스트 박스에 적절한 SPARQL 을 입력하고 html, rdf, json 등 결과형식을 선택한 후 실행 버튼 을 클릭하면 질의 결과를 확인할 수 있습니다.
- LOD 버튼을 클릭하면 LOD를 통해 발행된 정보 페이지로 이동합니다.
패싯 검색 서비스
- 패싯 검색 서비스는 생물정보 LOD 로 구축된 생물종에 대해 RDF 정보를 활용하여 선행 정의된 다면적인 분류체계(faceted classification)에 따라 생물종을 검색할 수 있는 서비스 입니다.
- 왼쪽은 검색결과에 대한 필터링(filtering)을 할 수 있는 패싯 항목을 제공하며, 오른쪽은 검색결과 목록을 보여줍니다.
- 검색결과 화면에서 각각의 결과를 클릭하면 상세 정보를 확인할 수 있습니다.
- LOD 버튼을 클릭하면 LOD 를 통해 발행된 정보 페이지로 이동하며, LODLive 버튼을 클릭하면, 해당 인스턴스에 대한 시각화 페이지로 이동합니다.
- 왼쪽은 상세정보에서 출력할 항목을 선택하는 메뉴를 제공하며, 오른쪽은 LOD 형태로 구축된 검색 결과의 상세정보를 출력합니다.
- 상세 정보에서 URI 형태로 구성된 항목은 클릭시 선택된 항목에 대한 RDF 화면으로 이동하고,
관련 생물종 버튼을 클릭할 경우 해당 항목에 관련된 다른 생물종을 연계 탐색할수 있는 기능을 제공 합니다. - 왼쪽은 관련된 생물종의 유형을 선택할 수 있는 기능을 제공하며, 오른쪽은 선택한 항목에 대해 관련이 있는 생물종 목록이 출력됩니다.
- 목록 오른쪽 상단에는 다른 유형의 값을 선택하여, 그와 관련된 생물종을 쉽게 검색 할 수 있는 기능을 제공합니다.
상세 검색 서비스
- 상세 검색 서비스는 생물정보 LOD 로 구축된 생물종에 대해 선정된 필드별로 상세 검색을 수행하는 서비스 입니다.
- 상세검색 페이지는 검색어 입력창과 분류군 선택창 및 선택된 분류군에 의한 필드 입력창으로 구성됩니다.
- 검색어를 입력하고 검색하고자 하는 분류군을 선택하면 해당 분류군의 필드 입력창이 자동으로 생성됩니다.
- 입력된 검색어와 분류군 및 필드 정보를 활용하여 검색한 결과를 결과 화면에서 확인할 수 있습니다.
- LOD 버튼을 클릭하면 LOD를 통해 발행된 정보 페이지로 이동합니다.
Browser 버튼을 클릭하면 해당 인스턴스에 대한 트리 형태의 시각화 페이지로 이동합니다.
관계 탐색
- 관계 탐색은 생물정보 LOD 로 구축된 생물종의 두 개체 사이의 연결 관계를 탐색하고 탐색한 결과를 시각화로 보여주는 서비스입니다.
- 소스 개체 입력창에 탐색하고자 하는 자원(리소스)을 한글로 입력하고 입력창 옆의 explore 버튼을 클릭하면, 입력한 리소스의 이름과 매칭되는 리소스 목록이 소스개체리스트에 제공됩니다.
- 같은 방법으로, 타겟 개체 입력창에 탐색하고자 하는 타겟 자원(리소스)을 한글로 입력하고 입력창 옆의 explore 버튼을 클릭하면, 입력한 리소스의 이름과 매칭되는 목록이 타겟개체리스트에 제공됩니다.
- 소스개체리스트 목록에서 탐색하고자 하는 소스개체를 클릭하면 입력창에 해당 개체 URI가 자동 입력됩니다.
- 같은 방법으로, 타겟개체리스트 목록에서 탐색하고자 하는 타겟개체를 클릭하면 입력창에 해당 개체 URI가 자동 입력됩니다.
- Count 입력창에 결과의 개수를 입력하고 실행 버튼을 클릭하면 입력한 두 개체 사이의 관계탐색을
시작합니다.
개수를 입력하지 않으면 두 개체 사이의 모든 관계를 탐색합니다. - 입력한 소스개체와 타겟개체 사이의 관계들을 입력한 결과의 수만큼 탐색하여 시각화 형태로 보여줍니다.
Open API
- Open API 서비스는 생물정보 LOD 데이터를 Open API 형태로 제공하는 서비스 입니다.
- Open API 서비스 URL을 작성하여 주소창에 입력하면, 전송받은 데이터가 json 형식으로 화면에 뿌려지게 됩니다.
-
1. 요청 URL(request url)
http://lod.nature.go.kr/main/openapi/nature_oapi.jsp
2. 요청 변수 (request parameter)
오픈API 설명 테이블 요청변수 값 설명 id string (필수) 요청을 원하는 서비스 이름으로서 무조건 지정해야 합니다. field name string (필수) 검색을 원하는 필드 조건임으로 적어도 하나는 지정해야 합니다. - 샘플 URL
http://lod.nature.go.kr/main/openapi/nature_oapi.jsp?id=getSpecies&floweringSeason=5월