몸은 아주 가늘고 길며, 주둥이 끝이 뾰족하다. 입은 작고 주둥이 밑에 있으며, 입수염은 아주 짧다. 옆줄은 완전하고 직선이다. 몸통의 등 쪽은 진한 암갈색이고 배 쪽은 옅은 은색이다. 몸통 옆면 가운데에는 주둥이 끝에서부터 꼬리지느러미 앞까지 이르는 흑갈색의 넓은 줄무늬가 있다. 등지느러미의 가장자리 앞부분에 흑갈색의 작은 줄무늬가 있다. 가는돌고기는 물이 맑고 깨끗하며 물살이 빠른 하천 상류의 자갈이 깔린 바닥에 산다.